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Hegde先生指出现今的GPU的可编程Shader并不适合做象物理模拟一样的GPGPU运算。目前GPU(Programmable Shader的)的通用寄存器的数目过少。这对特别像物理模拟，数据结构复杂，各种不同的复杂的算法进行调用处理，传统GPU会有较大的缺陷。而且在实际处理中物理寄存器的效率也没办法完全使用上，Hegde先生指出PPU则配备了更多的的寄存器。
2005年9月ATI Technologies进行了的Tech Day conference，GPGPU的研究人员Mike Houston先生(Stanford University)认为：ATI的RADEON X1800(R520)系的GPGPU上的优点是很明显的：Shader的硬件寄存器数32个。Shader的寄存器数通常是不被公布的，Houston先生就提到了竞争对手的产品在这方面有一定的弱势。
再一个重要不同是存储器结构，Hegde先生声称：PPU没有缓存结构，传统的缓存结构不适合物理计算。CPU和GPU数据有局部存在性，物理则没有局部存在性，更多的情况是随机访问，而取而代之的是各种各样的内部存储器，而且PPU最大的不同是它拥有庞大的内部存储带宽，达到2Tb(Tera-bit)/sec。
除此之外现在的GPU，外部存储器的延迟和访问路径（access path），也没有象CPU和PPU那样在通用处理的自由度上有优势。比如数据的fetch，需要使用texture来实现。总之GPU在内部结构的优化上，还尚有差距。
『PPU内部存储器结构』
再对比Cell处理器和PPU的结构，很容易发现它们之间的共同点，都具备了庞大的浮点运算单元并行处理器，没有缓存结构。PPU的RISC核心PPU Control Engine (PCE)对应Cell的PowerPC核心PPE(Power Processor Element)，Vector Processing Engine (VPE)和SPE(Synergistic Processor Element)相似。
再一个问题就是，随着未来的DirectX 10的采用，GPU的结构也出现较大的调整，统一架构的Unified-Shader是最大特点。在管线延迟方面将更低，同时在寄存器数目方面也会有针对GPGPU的优化，GPU在图形渲染方面的优势是毫无疑问的，同时未来的发展方向也会在GPGPU应用方面有更多的考虑。此前微软的一个招聘页面上显示Windows Graphics and Gaming Technology小组也有对一个Physics API方面的职位需求，它将致力于Direct Physics的研发，所以从这些来看，物理加速方面的竞争还是非常大的。
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