时间来到了2062年,人类终将濒临灭绝边缘。除了侵扰地球长达数十载的外星神秘泰伯伦水晶结构物,在全球防卫组织(GDI)和Nod兄弟会连年不休地征战之下,地球已近乎无法居住。就在这个危急时刻,隐居已久的Nod兄弟会先知领袖肯恩突然现身,并向GDI传达了一则讯息:他已研发出一套能够控制泰伯伦水晶并驾驭其能量的系统…
然而,若没有GDI的协助,他将无法建造这所谓的「泰伯伦控制网络」。因此,两大敌对阵营– GDI和Nod – 在情急之下只能勉强合作、阻止泰伯伦水晶灭绝人类。
现在,经历十五年之后,网络已接近完成。泰伯伦受到了严密的控制,我们恢复生气的星球即将迈入繁荣昌盛的新纪元。也就在这个时候,世界公民才开始严肃思考肯恩出手相助的原因,以及他觊觎着什么样的回报。诸如此类的这些问题,戏剧性地为泰伯伦长篇故事最终章揭开了序幕。